Det var låten "My hero" från 1997 som spelades under mötet och en representant för bandet förnekar att Trump fått grönt ljus för uppspelningen.
"Foo Fighters tillfrågades inte om tillåtelse, och hade de tillfrågats så hade de sagt nej", slår representanten fast i ett uttalande.
Tidigare denna sommar har bland andra Céline Dion samt artisten Isaac Hayes familj motsatt sig otillåten användning av deras låtar i Trumps pågående presidentkampanj.